Die Abwasserreinigung wird in der Regel in mechanisch-biologischen Kläranlagen durchgeführt. In der ersten Stufe einer Kläranlage, der mechanischen Abwasserreinigung werden durch Rechen, Sandfang und Absetzbecken oder Vorklärbecken grobe Bestandteile, Sand und absetzbare Stoffe abgetrennt.
Die zweite Stufe, die biologische Abwasserreinigung ARA, bringt die restlichen gut löslichen Abwasserbestandteile in Kontakt mit Mikroorganismen, die vom Abbau der organischen Verbindungen leben und sich dabei vermehren (Belebtschlamm). Bezogen auf den Biochemischen Sauerstoffbedarf (BSB5) liegt die Reinigungswirkung solcher Kläranlagen i.d.R. bei 90-95%. Die Entfernung der restlichen 5-10% und der Nährstoffe wie Stickstoff- und Phosphorverbindungen erfolgt in modernen Anlagen in der weitergehenden Abwasserreinigung (dritte Reinigungsstufe).
Zur Entfernung der Phosphorverbindungen werden chemisch-physikalische Verfahren verwendet in dem z. B. Eisen-/Aluminum-Chloride dem Abwasserstrom hinzudosiert werden (sog. Fällung/Flockung). Hieraus ergeben sich ungelöste Verbindungen, die z. B. durch ein Absetzbecken aus der Wasserphase getrennt werden können. Bei den Stickstoffverbindungen sind zur Reduktion des Ammoniumstickstoffs (NH4-N) aerobe Bakterien für die Umsetzung erforderlich, die sog. Nitrifikation; in einem weiteren Schritt, der sog. Denitifikation (vorgeschaltet, simultan oder nachgeschaltet) werden über die spezialisierten Bakterien (Denitrifikanten) die Nitrate (NO3-N, NO2-N) zu elementarem Stickstoff umgewandelt.
Der anfallende, biologische Schlamm aus dem Klärprozess wird in eigenen Behandlungsschritten verarbeitet: anaerobe Faulung, Entwässerung, Eindickung, Faulgasnutzung im BHKW, etc.